Trước năm 1954, ở miền Nam có một chi nhánh của Viện Đại học Hà Nội (tiếng Pháp: Université de Hà Nội) đặt tại Sài Gòn. Sau Hiệp định Genève 1954 chia đôi đất nước, chi nhánh này cùng với một bộ phận của Viện Đại học Hà Nội chuyển từ miền Bắc vào trở thành Viện Đại học Quốc gia Việt Nam. Vào năm 1957, Viện Đại học Quốc gia Việt Nam trở thành Viện Đại học Sài Gòn theo sau việc thành lập Viện Đại học Huế.[79] Đến năm 1973, Viện Đại học Sài Gòn đã đào tạo theo chương trình quốc tế. Sau này các bác sĩ Việt Nam di tản sang Mỹ, chỉ cần một hai năm đào tạo lại và học thêm tiếng Anh là hành nghề được[80]

Ngoài Viện Đại học Sài Gòn, Việt Nam Cộng hòa còn có các viện đại học khác như Viện Đại học Huế, Viện Đại học Đà Lạt, Viện Đại học Cần Thơ, Viện Đại học Vạn Hạnh, Viện Đại học Minh Đức, Viện Đại học Hòa Hảo, Viện Đại học Cao Đài, v.v... Năm 1973, tổng số sinh viên đại học tăng lên 98.832 người so với chỉ 2.900 người vào năm 1955. Số học sinh trung học trong cùng năm ấy là trên một triệu so với 43.000; và học sinh tiểu học, trên ba triệu so với 401.000. Ngoài ra còn các trường đại học cộng đồng (trường đại học hệ hai năm), trường huấn nghiệp và các chương trình công nghệ.[80] Các trường đại học cộng đồng được thiết lập từ năm 1970 trở đi, đặt cơ sở ở Định Tường, Nha Trang, Sài Gòn, Đà Nẵng, Vĩnh Long...[79]

Triết lý giáo dục của Việt Nam Cộng hòa là "nhân bản, dân tộc và khai phóng". Điều này ghi trong tài liệu Những nguyên tắc căn bản do Bộ Giáo dục ấn hành năm 1959 và sau đó được ghi lại trong Hiến pháp Việt Nam Cộng hòa 1967.[79] Tuy nhiên, chính phủ Việt Nam Cộng hòa lại chưa có văn bản cụ thể hóa cách hiểu ba nguyên tắc này là như thế nào, vì vậy, khi áp dụng những nguyên tắc này vào thực tế thì bị lúng túng, vá víu. Hiến pháp Việt Nam Cộng hòa cũng ghi nhận "nhà nước cố gắng xây dựng nền giáo dục cơ bản có tính cách cưỡng bách và miễn phí", "giáo dục đại học được tự trị" và "những người có khả năng mà không có phương tiện sẽ được nâng đỡ để theo đuổi học vấn".[81] Tuy nhiên, do ngân sách giáo dục eo hẹp, hệ thống trường học thiếu thốn và không có chính sách khuyến học hiệu quả nên có nhiều trẻ em nghèo vẫn không thể đến trường. Chỉ khoảng 24% tổng số thiếu niên ở lứa tuổi từ 12 đến 18 là được đi học[82]. Nội san AĐS cho biết: “Cứ 100 em vào lớp đầu của bậc tiểu học thì chỉ có 3 em được học trung học đệ nhị cấp, còn 97 em bị hất ra ngoài nền giáo dục đại chúng của ông Thiệu, và trong tiểu học có 51% học sinh không được học lên lớp 4”[83] Tới năm 1974, tỷ lệ người dân biết đọc và viết của Việt Nam Cộng hòa ước tính vào khoảng 70% dân số[84], 30% còn lại vẫn mù chữ.

Trong suốt quá trình tồn tại, giáo dục Việt Nam Cộng hòa có sự hỗ trợ lớn cả về tài chính và nhân sự của Mỹ. Theo Nguyễn Khắc Viện, mục tiêu của Mỹ trong việc này là đào tạo nên đội ngũ cán bộ chính phủ chịu ảnh hưởng bởi tư tưởng và văn hóa Mỹ[85]. Nhiều bộ sách giáo khoa được lồng ghép nhiều mục tiêu chống Cộng của Việt Nam Cộng hòa, ví dụ sách giáo khoa giáo dục công dân lớp 4 của Bộ giáo dục năm 1960 ghi rằng "Cộng sản là những kẻ phản bội gia đình, đất nước và tôn giáo"[86]. Có quan điểm cho rằng các môn học về xã hội (lịch sử, địa lý) thời Việt Nam Cộng hòa thường nặng về ca tụng sự viện trợ của Pháp, Mỹ, nền độc lập giả hiệu của chế độ tay sai và biện minh cho hành động xâm lược của ngoại quốc[87].